L’assemblée des membres décident des orientations et activités du centre de recherche, de la gestion des infrastructures commune de recherche, alloue les budgets et les dégagements de recherche, et nomme ses membres dans les autres instances universitaires.

La direction du RIVE est chargée de la mise en œuvre des orientations du centre de recherche et des liens avec les autres instances universitaires. Elle est responsable des professionnels et professionnelles de recherche du centre. La direction est élue pour trois ans, renouvelable une fois. Elle prend appui sur un comité de direction pour assurer la continuité des activités du centre et pour toutes les actions stratégiques.

Cinq champs structurent les activités du RIVE :

• Le soutien à la recherche pour les membres chercheurs et étudiants dans leurs projets de recherche.
• L’animation scientifique qui se compose des conférences hebdomadaires, du colloque annuel, du J-Club, du Rive Hacking, du TechniLab et du NumériLab.
• La gestion des infrastructures de recherche qui sont partagées entre les membres du RIVE, soit le navire de recherche le Lampsilis, le laboratoire d'analyse en écologie aquatique et en sédimentologie (LAEAS) et le laboratoire humide (Wetlab).
• Le transfert des connaissances qui concerne la gestion des communications internes à l’université, du site web, les liens avec les réseaux de recherche des membres, et les activités de transfert des connaissances vers les milieux de pratique.
• Le développement d’un plan en matière d’équité, diversité et inclusion pour le regroupement.

Ces champs d’activités sont supportés par les professionnels et professionnelles de recherche du RIVE. Le travail de ces personnes peut être supervisé par des comités composés de membres chercheurs du RIVE ou par la direction du centre. Lorsqu’un comité est formé, celui-ci est chargé de la supervision des activités qui le concerne et de leur bon déroulement.