La thèse doit être déposée dans les deux établissements soit simultanément ou dans les plus brefs délais suivant le dépôt de la thèse dans l'établissement d'attache du doctorant.

La composition du jury de thèse doit répondre aux exigences de l'entente-cadre de cotutelle et doit être approuvée par les deux établissements. Le jury de soutenance est composé à parité de scientifiques désignés par les deux établissements partenaires excluant les évaluateurs externes. Il est composé de 5 à 8 membres. Il comprend au moins les deux directeurs de thèse, un professeur de chacun des établissements partenaires et au moins un membre extérieur aux deux institutions.

Le ou les membre(s) externe(s) ne sont pas comptabilisés dans la parité entre membres québécois et français. Les deux directeurs de thèse, québécois et français, disposent d'un vote chacun pour l'acceptation de la thèse et pour la mention.

La thèse donne lieu à une soutenance unique, au Québec ou en France, reconnue par les deux établissements.

Le lieu de soutenance détermine le processus d'évaluation et de soutenance de la thèse.

Dans le cas d'une thèse réalisée en cotutelle, le comité de programme de cycles supérieurs doit se référer dans un premier temps à la convention de cotutelle liant les deux universités partenaires pour connaître, le cas échéant, les dispositions spécifiques au processus d'évaluation de la thèse de doctorat. Toutefois, sans égard à la convention de cotutelle, le comité de programmes de cycles supérieurs doit effectuer les opérations suivantes :

Lors du dépôt initial, le CPCS doit faire parvenir au Décanat des études (DE) :
- La composition du jury
- La lettre du directeur de recherche autorisant le dépôt initial afin d'assurer le suivi avec le bureau du registraire de l'UQTR.