Le professeur Pierre Magnan a étudié l'impact de l'introduction d'espèces de poisson sur les espèces déjà présentes dans le milieu. Il a aussi étudié l'effet des feux de forêt et de la coupe forestière sur les poissons. Il se concentre présentement à étudier le polymorphisme trophique chez les poissons, la sélection des habitats de reproduction chez l'omble de fontaine et la dynamique des communautés de poissons dans les grands lacs fluviaux du Saint-Laurent.