Une cotutelle de thèse est un programme offert conjointement par deux établissements d'enseignement supérieur soit l'UQTR et un établissement situé à l'extérieur du Québec. Ce programme permet à l'étudiant d'obtenir un double diplôme de doctorat (car il complètera la totalité de deux programmes de doctorat), délivré et reconnu par les deux établissements.
L'étudiant au doctorat engagé dans une cotutelle, réalise un projet de recherche unique, dont une partie se déroulera à l'UQTR et l'autre, dans l'établissement partenaire. Une cotutelle se prépare à l'avance: les deux codirecteurs de thèse établissent ensemble le projet de recherche qui sera attribué à l'étudiant et en indiquent les étapes de la réalisation dans une convention de cotutelle. Cette dernière précise tous les aspects de la double formation doctorale à venir de l'étudiant, incluant l'ensemble des cours dans chacun des deux programmes d'étude et leur session prévue de réalisation, les exigences pour les deux examens doctoraux, les modalités pour la soutenance de la thèse, etc.
Lors de la planification du cheminement d'un étudiant en vue d'une cotutelle, il est important de tenir compte de ces éléments : 1) l'étudiant doit être inscrit à temps complet à l'UQTR, dès sa première session d'admission et pour toutes les sessions suivantes jusqu'à sa recommandation au diplôme, sans égard à l'institution où il se trouve aux différentes sessions; 2) la convention de cotutelle doit avoir été remplie, approuvée et signée par toutes les parties prenantes des deux institutions, avant que l'inscription à l'UQTR puisse être faite (si l'étudiant commence son doctorat à l'étranger dans l'université partenaire, son inscription devra être réalisée à distance par le registrariat de l'UQTR, conditionnellement à ce que l'étudiant ait déjà obtenu son CAQ et son permis d'étude, et aussi à ce que sa convention de cotutelle ait été finalisée); 3) l'inscription à des cours du programme de doctorat en biologie cellulaire et moléculaire de l'UQTR ne sera autorisée par l'UQTR, que pendant les sessions avec présence physique à l'UQTR. L'étudiant qui commence sa cotutelle dans l'université partenaire, devra s'inscrire à temps complet à l'UQTR quand même pendant ce temps, sans pouvoir sélectionner de cours. Il devra attendre la session où il viendra à l'UQTR pour commencer sa formation et ses cours uqtériens.
Pour chaque session d'inscription, et ce, depuis le début jusqu'à la fin des deux programmes de doctorat, les étudiants paieront les frais de scolarité uniquement dans l'établissement où ils séjournent. Les étudiants peuvent recevoir les bourses Universalis causa et d'exemption des frais majorés de l'UQTR (pourvu qu'ils répondent aux critères d'admissibilité), pendant les sessions où ils séjournent à l'UQTR et y paient des frais de scolarité, et ce, au cours des 9 premières sessions du doctorat pour la bourse Universalis causa et des 8 premières sessions du doctorat pour l'exemption des frais majorés.