Le concours se déroule en deux temps. D'abord, s'il y a plus d'une candidature par comité de programme de cycles supérieurs (CPCS), ce comité procède à une sélection interne parmi toutes les thèses admissibles. Le CPCS les évalue et détermine la meilleure thèse[1] sur la base des critères de sélection susmentionnés.
Au terme de ce processus, les candidats sélectionnés par les comités de programme sont invités par le Décanat des études à fournir certains documents complémentaires en vue de la constitution de leur dossier qui sera classé dans un des trois grands secteurs (sciences humaines et sociales, sciences naturelles et génie et santé) afin d'être en lice pour le prix de la meilleure thèse dans cette catégorie[2]. Le sujet détermine le classement dans l'un ou l'autre des secteurs.
Ensuite, trois comités de sélection (un par grand secteur) procèdent à l'évaluation de toutes les candidatures soumises et désignent les gagnants.
[1] Un seul diplômé par programme.
[2] Si une seule candidature est admissible dans un secteur, elle sera présentée pour évaluation au comité de sélection auquel elle se rattache.