Les nouveaux lieux fréquentés par les Européens étaient déjà nommés par les Autochtones. Les toponymes autochtones décrivaient les particularités physiques de ces sites et mentionnaient la présence de certaines ressources. Plusieurs toponymes présents dans la vallée du Saint-Laurent ont ensuite été remplacés par des mots de souche européenne, puis canadienne. Il reste que plusieurs noms de lieux au Québec et au Canada sont d'origine autochtone. Des centaines de rivières, de lacs, de montagnes et de villes doivent leur nom aux Autochtones. En voici quelques exemples :
| Anticosti (innuat/montagnais) | territoire de chasse à l'ours |
| Cacouna (cri ou malécite) | pays du porc-épic |
| Chicoutimi (innuat) | fin des eaux profondes |
| Gaspé (micmac) | fin de l'extrémité |
| Kahnawake (mohawk) | là où sont les rapides (rapides de Lachine) |
| Kenogami (algonquin) | longue étendue d'eau (lac) |
| Manicouagan (cri) | où il y a de l'écorce à canot |
| Mattawa (algonquin) | confluence de rivières |
| Mégantic (abénakis) | au camp des truites saumonées |
| Missisquoi (abénakis) | eau de silex |
| Québec (micmac) | là où la rivière rétrécit |
| Rimouski (micmac ou malécite) | pays de l'orignal |
| Saguenay (innuat) | la source des eaux |
| Témiscaminque (naskapi) | étendue d'eau profonde |
| Wendake (huron/wendat) | pays de la péninsule, île à part |
| Yamaska (abénakis) | crapaud |
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