Lors des premières rencontres, les Français associent la médecine autochtone à la sorcellerie. Mais peu à peu, ils se rendent compte de l'efficacité de leurs connaissances. Les Amérindiens sont capables de guérir les fractures et les plaies et font grand usage des plantes médicinales. À ce moment, la médecine autochtone est aussi efficace que celle des Européens. La médecine européenne n'est pas encore considérée comme une science puisqu'elle repose presque exclusivement sur des connaissances empiriques. Certaines habitudes autochtones favorisent aussi l'hygiène corporelle, c'est le cas des bains et de la tente à suer (la suerie, une sorte de sauna) qui sont également des rituels de purification. À cette époque, les Européens ne se lavent pas. Ils croient que l'eau cause des maladies en laissant pénétrer les microbes par les pores de la peau.
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