Depuis des millénaires, l'Europe, l'Asie et l'Afrique entretenaient des contacts réguliers. L'Amérique, étant restée en dehors de ce circuit d'échanges, les habitants du continent étaient isolés géographiquement et protégés de nombreuses maladies. Dès les premières rencontres entre Autochtones et Européens, c'est-à-dire à l'époque des pêcheurs et des premiers explorateurs, les maladies commencent à circuler. L'impact des nouvelles maladies qui se répandent en Amérique est terrible, c'est une véritable catastrophe démographique.
Les Autochtones ignorent la plupart des infections présentes en Europe. N'ayant pas développé d'immunité, ils sont très vulnérables face à ces celles-ci. Quelles sont donc ces maladies qui font tant de ravages ? Parmi les affections introduites en Amérique, l'on retrouve: les fièvres typhoïdes, la blennorragie, la diphtérie, la coqueluche et la syphilis. Cette dernière maladie existait aussi en Amérique, mais sous une autre forme. D'autres infections, comme la pneumonie, même la grippe et des maladies d'enfants (rougeole, roséole, rubéole, varicelle, scarlatine) sont souvent mortelles pour les Autochtones qui en sont atteints.
La variole, la rougeole et le typhus restent les maladies les plus meurtrières. En Europe, la variole («picote» ou «petite vérole») touchait surtout les enfants; en Amérique, cette infection est celle qui fait le plus de ravages parmi les Autochtones. La variole se transmet directement, d'individu à individu, mais également par des couvertures et des vêtements. Elle est très contagieuse.
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