Plus un problème est bien préparé, plus les consignes de travail sont claires, plus fécond sera le travail de l'apprenant.
Il vaut mieux attendre quelque semaines après le début des cours avant de mettre en place cette stratégie pédagogique, afin de permettre aux étudiants de mieux se connaître et de créer des liens de confiance et de respect entre eux.
L'apprentissage par problèmes demande beaucoup de temps de planification pour choisir les problèmes et prévoir le déroulement de tout le processus. Les équipes doivent se rencontrer (en classe ou à l'extérieur) pour que le travail avance. L'enseignant doit faire le point à mi-parcours et évaluer les réalisations.
On ne peut prévoir exactement la direction que prendra la recherche des apprenants. L'enseignant doit donc s'attendre à ce que les solutions trouvées ne soient pas toujours celles envisagées.
La situation-problèmes doit représenter un « défi raisonnable » pour les apprenants. Elle doit être ni trop facile ni trop difficile afin de préserver la motivation et permettre des apprentissages nouveaux en faisant appel à des connaissances qui n'ont pas été présentées.
L'étape du retour et de la synthèse est particulièrement importante, car elle permet aux apprenants de mieux comprendre l'utilité de l'activité et de mieux faire le transfert de leurs connaissances.