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Génomique fonctionnelle des phytopathosystèmes

Présentation invitée

et
AnnéeYear

2018

Generación de un modelo de predicción de la presencia del micelio que combina datos geomáticos y genómicos para facilitar la recolección (y comercialización) de hongos comestibles.

Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón (CITA)

October 19th


Molecular dissection of plant immunity through the use of virulence factors

IIT Roorkee, Uttarakhand, India

August 24th.


2017

Effectors as probes of the plant immune system...and more!

 Israel Society for Microbiology
Tiberias, Galile, Israel.

 November 23rd, 2017


Effectors as probes of the plant immune system...and more!

Seminar at Ben Gurion University of the Desert.
November 20th 2017.


Effectors as probes of the plant immune system...and more!

Tel Aviv University, Tel Aviv.
George S. Wise Institute
November 21st, 2017


2016

Le champignon crabe: démystifié!

Assemblée Générale Annuelle de Association pour la Commercialisation des Produits Forestiers Non-Ligneux.
26-04-2016

Site web de l'ACPFNL

Using effectors to probe plant cell biology

Seminar at Université Paul Sabatier, Toulouse, France
25-10-2016


Using effectors to probe plant cellbiology

Seminar at INRA of Nancy, France
24-10-2016


2015

Book chapters

La culture des champignons sous couvert forestier est un domaine en plein essort. Dans ce livre, magnifiquement illustré, rédigé par Fernand Miron et Anita Royer nous avons contribué à un chapitre expliquant comment les outils moléculaires peuvent aider au développement de la culture des champignons sous couvert forestier.

Pour achat :
Auteur : Fernand Miron et Anita Royer
Réalisation : Filière mycologique de la Mauricie - Syndicat des producteurs de bois de la Mauricie
2410, rue de l'Industrie, Trois-Rivières (Québec)  G8Z 4R5 / Tél. : (819) 370-8368
Courriel : info@mycomauricie.com / Web : www.mycomauricie.com

Format : 5 x 8 ; 158 pages en couleur
Illustrations : 411 photographies en couleur
Parution : Octobre 2015

ISBN 978-2-9808585-4-3
Diffusion et distribution : Fernand Miron et Anita Royer, Shawinigan-Sud (Québec)

Courriel : champimiroy@hotmail.com

Site Web

Découverte de facteurs de virulence fongique via un système hétérologue.

Département de Biologie
Université de Moncton

Invited by David Joly.

David's web site

Using effectors to probe plant cell biology

Seminar at INRA of Toulouse, France
24-10-2016


2014

A quoi servent les facteurs de virulence...comment les étudier: approche cellulaire.

Biogames Janvier 2014. Séminaire St-Joseph, Trois-Rivières, Québec


Molecules at war, virulence factors from biotrophic pathogens as probe of the plant immune system

Biology Department, Stewart Building November 10th, 2014.


Pourquoi (et surtout comment) étudier l’immunité chez les plantes ?

Stratégies d’attaques et de défenses: derrière les lignes ennemies

Invitation de l'Association des étudiants en biologie médicale. 26 Septembre 2014.


Une combinaison d'approches in silico et fonctionnelles met à jour des effecteurs de rouilles

Journée International de Biotechnologie (JIB), Hamammet, Tunisie, Decembre 20-24, 2014.


2013

Les facteurs de virulences pour améliorer la résistance aux pathogènes ! Centre Sève, Sherbrooke, Janvier 2013.

Les facteurs de virulence procurent aux pathogènes qui les possèdent un bénéfice lors de l’infection de l’hôte; suppression de la réponse immunitaire, entrée dans la cellule, colonisation et acquisition de nutriments. Les champignons pathogènes biotrophes, notamment les rouilles, possèdent des facteurs de virulences. Cependant, comme ces organismes ne peuvent généralement être transformés, les approches usuelles de génomique fonctionnelle d’altération d’expression de gènes ne sont pas envisageables pour comprendre les fonctions géniques de ces organismes. Pour déterminer les fonctions de 20 facteurs de virulences potentiels de la rouille foliaire du peuplier (Melampsora larici-populina, Mlp), nous utilisons une approche qui consiste à transférer des gènes de Mlp dans Pseudomonas syringae que nous utilisons ensuite pour infecter Arabidopsis thaliana. Un accroissement du pouvoir infectieux de P. syringae, suite à l’ajout du gène, nous indique si celui-ci contribue à l’infection. Ultimement, notre intérêt réside dans l’identification des cibles intracellulaires, potentiellement des protéines régulant la réponse immunitaire végétale. Pour ce faire, nous utilisons des approches protéines-protéines combinés à des approches génétiques qui nous ont à ce jour permis d’identifier deux cibles potentielles. L’une d’elles est une synaptotagmine alors que l’autre est un récepteur kinase non caractérisé dont l’expression est accrue lors de stress biotique. L’approche présentée représente une méthode de choix pour l’étude des facteurs de virulence d’organismes biotrophes et nous amène à découvrir de nouvelles composantes de l’immunité végétale.


Probing the Arabidopsis proteome  with fungal effectors from biotrophic pathogens

Meeting of the Canadian Society of Plant Biology, Québec City 2013.

Plants are constantly attacked by pathogens (fungi, bacteria, insects, virus). Some of these pathogens are biotrophic; those are pathogens that depend on their host survival. In this intricate lifestyle the pathogen must suppress the plant immune system (to prevent the plant from launching a defense response) while it feeds from the plant without killing it. To achieve its goal the pathogen relies on proteinaceous effectors that are transferred into the host with the aim of suppressing the host immunity and hijack the host cells to feed. We use the model plant Arabidopsis thaliana to assess whether these predicted fungal effectors can interfere with the plant immune system. Our multi-faceted strategies involves; labor intensive plant infection, generation of stable transgenics expressing GFP-tagged effector to assess subcellular effector localization, proteomic identification of effector targets and genetics. Ultimately, the objectives are two-fold:

  1. discover new functional effectors used by a given pathogen,
  2. to use these predicted effectors to probe the A. thaliana immune system to discover new components involved in plant immunity.

Ultimately this knowledge could be used in crop improvement strategy, in addition we wish to demonstrate that Arabidopsis could be used a reservoir of resistance genes for crops.


Virulence factors of plant pathogens, where do they go and why are they going there?

Plant Science Departement, Research Horizon Seminar, November 28th, 2013.


2009

Book

Germain, H. 2009. Functional Genomic of Receptor Kinases in Solanum Chacoense. VDM Verlag. 220 pages. ISBN: 3639180674

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Journal Cover

Dynamic signaling events across the nuclear envelope are an important component of plant immune responses. Cheng et al. (pages 2503–2516) report cloning and analysis of Arabidopsis MOS7/Nup88, which encodes a nucleoporin-like protein that functions in regulating nuclear export of certain defense proteins. MOS7 is a homolog of human and Drosophila Nup88, which regulates nuclear export of activated NF-κB transcription factors. mos7 mutant plants show marked reduction in nuclear retention of SNC1 and the immune regulators EDS1 and NPR1 and exhibit specific defects in immune responses, suggesting that plant defense outputs are regulated by MOS7-mediated modulation of the nuclear concentration of defense proteins. The cover displays a confocal image of leaf pavement cells stained with propidium iodide (red/magenta) showing nuclear rim localization of MOS7- GFP (green). Picture taken by Yuti Chen.


Nucleocytoplasmic trafficking in plant innate immunity, IBIS-Proteo/ Université Laval/Pavillion Marchand, Québec, 2009.

Les réponses immunitaires des plantes dépendent de voies de signalisation se rendant au noyau. L’accumulation nucléaire de protéines de résistance (R) et d’autres éléments de signalisation de la réponse de défense est nécessaire à leur fonction mais notre compréhension de cette relocalisation est limitée. Je présenterai nos travaux sur mos7, un mutant perte de fonction partielle qui supprime la réponse auto-immune médiée par la protéine de résistance snc1. Le mutant simple mos7 est altéré aux niveaux de l’immunité basale, de l’immunité médiée par les gènes R et dans la résistance systémique acquise. La protéine MOS7, est une nucléoporine qui régule l’accumulation nucléaire des régulateurs de défense EDS1, NPR1 et de la protéine R, snc1 selon un mécanisme CRM1-dépendent.


2008

L'immunité végétale et le transport nucléocytoplasmique. Séminaire au Centre de Foresterie des Laurentides, Québec, 2008.

Les réponses immunitaires des plantes dépendent des protéines de résistances (R). De récents travaux ont démontrés que certaines de ces protéines  peuvent être localisée au niveau du noyau. Cependant, les autres facteurs permettant cette relocalisation nucléaire sont à ce jour inconnu. Je présenterai nos travaux sur mos7, un mutant perte de fonction partielle qui supprime la réponse auto-immune médiée par la protéine de résistance snc1. Le mutant simple mos7 est altéré aux niveaux de l’immunité basale, de l’immunité médiée par les gènes R et dans la résistance systémique acquise. La protéine MOS7, est une nucléoporine qui régule l’accumulation nucléaire des régulateurs de défense EDS1, NPR1 et de la protéine R, snc1. A ce jour il s'agit de la première démonstration d'une protéine R dont la localisation et l'effet est régulé par une nucléoporine.


1999

Développement de marqueurs moléculaires de gènes codant permettant de détecter la présence de polymorphisme chez Inonotus tomentosus à l’aide d’une approche PCR-SSCP, Société de Protection des Plantes du Québec (SPPQ), 1999.

180 basidiocarpes du pathogène Inonotus tomentosus a été utilisé pour générer des données moléculaires (mitochondrial et nucléaire) et spatials permettant de mesurer la taille des genets, la diversité moléculaires et les évênements ayant mené à la colonisation du site infecté. Les marqueurs utilisés de même que des conclusion préliminaire liées à la colonisation du site seront présentées.


Molecular diagnosis of I. tomentosus. American Phytopathology Society (APS), 1999.

Inonotus tomentosus is an important causal agent of root and butt rot of conifer. However cultures of Inonotus tomentosus are extremely hard to differentiate from Inonotus leporinus and Phellinus pini which can be associated with similar ecological niches. We designed PCR primers that are specific to I.tomentosus and do not amplify for other Inonotus or P. pini. In addition a phylogenic analysis of various Inonotus species suggest that ecological niches was an important driving force for speciation.