Comment échantillonner ?

Le prélèvement des diatomées peut être effectué dans tous les types de cours d'eau à condition de respecter les recommandations suivantes:

• Choisir de préférence un tronçon d'eau vive afin d'éviter de prélever une grande quantité de matériel sédimenté, de diatomées mortes et de diatomées d'origine planctonique. Les cours d'eau stagnant peuvent néanmoins être échantillonnés en absence d'eau vive.

• Choisir de préférence un site d'échantillonnage ensoleillé. Les zones ombragées peuvent néanmoins être échantillonnés en absence de sites à découvert.

• S'il y a un pont ou une retenue d'eau (barrage) à proximité du site, échantillonner en amont du pont ou en aval du barrage.

• Échantillonner en amont des rejets ponctuels qui peuvent modifier les conditions locales (drains agricoles, fossés de route, égouts pluviaux, effluents, etc.).

• Choisir un substrat rocheux. Éviter les substrats en bois et les sédiments.

• S'il n'y a pas de substrats rocheux, il est possible d'introduire des roches dans le cours d'eau. Il faut ensuite attendre un minimum d'un mois avant d'échantillonner les diatomées. Il est préférable d'introduire des roches qui proviennent du bassin versant. Il est recommandé d'introduire au moins cinq roches sur une distance d'environ 50 m. Les roches doivent être d'une taille suffisante pour ne pas rouler dans le courant.

Le prélèvement des diatomées est réalisé selon les étapes suivantes:

• Prélever un échantillon composite d'environ 5 roches en grattant, à l'aide d'une brosse à dent, le tapis d'algue (biofilm) accumulé sur la surface des roches. Éviter les roches recouvertes de longues algues filamenteuses. Si possible, les substrats doivent être délicatement retirés de l'eau afin d'éviter toute perte d'algues. La profondeur d'échantillonnage doit varier entre 20 et 60 cm, selon la turbidité (transparence) de l'eau et le niveau de l'eau. Il est important de s'assurer que le substrat n'ait pas été exondé (en contact avec l'air) au cours d'une période d'étiage (bas niveau d'eau) dans les semaines précédant l'échantillonnage. Les 5 roches peuvent être prélevées sur une distance d'environ 50 m. De nombreuses études ont démontré qu'il n'est pas utile de prélever un grand nombre de substrats sur des zones plus vastes (quelques centaines de mètres). Les indices donnent en effet des résultats similaires puisque les communautés répondent d'abord à la physico-chimie de l'eau31.
• Déposer le matériel prélevé dans un contenant (ex. : un tube de 50 ml) avec un peu d'eau de la rivière. Rincer et frotter vigoureusement la brosse à dent entre les échantillonnages afin d'éviter la contamination. Préserver les échantillons avec du Lugol et garder au frais (4ºC) et dans l'obscurité jusqu'au moment du traitement en laboratoire. Le Laboratoire de recherche sur les bassins versants de l'UQTR peut fournir le matériel nécessaire à l'échantillonnage.