Quand échantillonner et à quelle fréquence ?
Des échantillonnages multiples, réalisés au cours d'une même année dans la rivière Boyer et la rivière du Chêne, ont permis d'évaluer l'écart moyen saisonnier de l'IDEC10,24. Cet écart a été évalué à 5 points (±4). Des échantillonnages annuels successifs, réalisés une fois par année au cours du même mois, ont permis d'évaluer l'écart moyen interannuel24,25,26,29. Cet écart a été évalué à 8 points (±5). Ces écarts sont essentiellement reliés à la variabilité des conditions météorologiques et hydrologiques au cours de la saison ou d'une année à l'autre. Les épisodes de précipitations, qui provoquent le ruissellement des sols et des polluants vers les cours d'eau, sont en effet variables d'une année à l'autre. L'écart observé dans les valeurs de l'IDEC peut également être relié, bien que dans une moindre mesure, à la variabilité naturelle qui peut exister sur les substrats d'un même tronçon de rivière et à la variabilité induite par l'échantillonnage, les manipulations en laboratoire et les erreurs d'identification.
À la lumière de ces résultats, il est généralement conseillé de procéder à un échantillonnage par année, entre juillet et septembre, et de répéter l'échantillonnage pendant quelques années afin de déterminer quelles sont les conditions moyennes. Il est important de procéder à un suivi d'au minimum deux ans, et de préférence trois ans lorsqu'une forte variabilité est mesurée, afin de préciser le statut d'un cours d'eau. En règle générale, lorsqu'un suivi de deux ans est réalisé et que l'on observe peu de variabilité dans les valeurs de l'IDEC, il est probable que la moyenne des deux valeurs soit représentative du statut moyen de la rivière. Par contre, si une variabilité importante est observée, provoquant un changement de classe de la station, il est utile de procéder à un troisième échantillonnage afin de confirmer le statut du cours d'eau. Cette situation est plus fréquente dans le cas des cours d'eau mésotrophes, qui sont plus variables que les cours d'eau oligotrophes et eutrophes.
Il faut éviter d'échantillonner dans les jours suivant des précipitations importantes. Les substrats sont alors difficiles d'accès puisque le niveau d'eau est élevé. Il est préférable d'attendre que le niveau de l'eau baisse afin d'avoir accès aux roches qui n'ont jamais été exondées.