La formation de natation a vu le jour en 1996 à la suite de la construction du Centre de l’activité physique et sportive, qui incluait une piscine exceptionnelle de dimension olympique. Alain Lefebvre fut le premier entraîneur des Patriotes.
En collaboration avec le Club de natation Mégophias, les Patriotes ont été dirigés par des entraîneurs de renom, dont Pascal Dufresne, Luc Boivin et Martin Gingras.
Maintenant dirigés depuis 2014 par Charles LaBrie, les Patriotes s’illustrent annuellement par la conquête de médailles au Championnat provincial et la participation de plusieurs étudiants-athlètes au Championnat U SPORTS.
À travers toutes ces années, quelques athlètes ont particulièrement marqué l’histoire des Patriotes avec des performances au niveau national, soit Jean-Nicolas Poirier (1996-1998), Jennifer Carroll (2004-2009) et Caroline Lapierre-Lemire (2010-2015).