La formation de natation a vu le jour en 1996 à la suite de la construction du Centre de l’activité physique et sportive logeant une piscine exceptionnelle de dimensions olympiques. Alain Lefebvre fut le premier entraîneur des Patriotes.
En collaboration avec le club de natation Mégophias, les Patriotes ont été dirigés par des entraîneurs de renom dont Pascal Dufresne, Luc Boivin et Martin Gingras.
Quelques athlètes ont marqué l’histoire des Patriotes avec des performances au niveau national : Jean-Nicolas Poirier (1996-1998), Jennifer Carroll (2004-2009) et Caroline Lapierre-Lemire (2010-2015).
Dirigés depuis 2014 par Charles Labrie, les Patriotes s’illustrent annuellement par la participation de plusieurs étudiants athlètes au championnat U Sports.