L'analogie est fréquente entre le Nouveau Monde et l'Ancien dans la description de l'usage des plantes de l'Histoire naturelle. L'intérêt pour les propriétés médicinales et la valeur économique est manifeste. Le texte de l'Histoire naturelle accorde une certaine importance à l'observation. Il commence à donner des mesures, à classer par la forme générale de la plante sans décrire précisément les structures des organes de la plante.
Quant à la colonne intitulée Figures, elle résume des filiations iconographiques directes, comme celle de la Granadille qui est une copie exacte de figures datant du début du XVIIe siècle; ou encore, comme celle de l'Ehlebore blanc qui est une copie de l'Ophris telle que dessinée par Matthioli en 1566, en 1572, et reprise par Dalechamps en 1586-87 et rééditée en 1653.
Nicolas fait, d'une part, une place à la doctrine des Signatures comme en témoigne surtout la figure de la Granadille et montre, d'autre part, son attachement aux Histoires de la botanique du XVIe siècle et du début du XVIIe. Cet intérêt se reflète dans sa conception de la classification botanique pour plusieurs des figures du Codex.
Les quatre pages du Codex suggèrent une première classification visuelle qui mène vers une manière de classer les plantes non seulement en fonction de certaines de leurs parties, mais aussi des légendes, des histoires, des propriétés qui les rattachent. La mise en page s'explique. Elle laisse voir d'abord une juxtaposition de plantes selon leur format et l'importance de certaines de leurs parties.
La page 23 présente huit simples, c'est-à-dire huit plantes aux propriétés médicinales, de petite taille, avec leurs racines , sauf pour la Nolime tangere qui est montrée sans ses racines .