Le conseil d'administration est composé de 16 membres (professeurs, étudiants, chargé de cours, diplômé, membres de la direction et représentants socio-économiques). Il exerce les droits et les pouvoirs de l'UQTR. Il peut également déléguer certains de ses pouvoirs au comité exécutif ou à des membres du personnel de l'Université.
Le comité exécutif est composé de sept membres, tous issus du conseil d'administration. Le comité exécutif a pour mandat de seconder le conseil d'administration en assumant l'administration courante de l'Université. Il exerce les pouvoirs que lui délègue le conseil d'administration et fait rapport de ses activités au conseil.
La commission des études est composée de 20 membres (professeurs, étudiants, chargés de cours et membres de la direction). Elle a été instituée par le conseil d'administration afin d'étudier toute question relative aux activités d'enseignement et de recherche ainsi qu'aux services à la collectivité. Elle peut faire des recommandations au conseil d'administration quant à la coordination de l'enseignement et de la recherche.