Étant donné que le baptême est le plus souvent administré à l'article de la mort, il est rapidement perçu par les Autochtones comme une cause de décès. Plusieurs craignent de mourir s'ils reçoivent le baptême. Les missionnaires qui transmettent des maladies inconnues auparavant en s'installant dans les communautés autochtones sont accusés de sorcellerie.

À l'opposé, le baptême est parfois vu comme un rituel de protection contre les maladies apportées par les nouveaux venus. Les chamans sont impuissants face aux maladies d'origine européenne. Ils perdent beaucoup de prestige face aux missionnaires. La magie des missionnaires paraît alors plus puissante que celle des chamans, puisque les Français immunisés contre ces maladies ne meurent pas. La puissance de la magie des robes noires (Jésuites) convainc plusieurs Autochtones d'accepter la nouvelle religion.