Au moment où l'Université est instituée en 1969 il existe déjà, à Trois-Rivières au Centre d'études universitaires, un programme et un enseignement complet de niveau universitaire en philosophie, grâce à une entente intervenue en 1966 entre le Centre et les Jésuites de l'lmmaculée-Conception de Montréal. À l'origine, le département de philosophie sera constitué de ce qu'il y a de philosophie dans ce centre, et également de ce qui se trouve à l'École normale Maurice L. Duplessis.
Le programme de baccalauréat en philosophie, qui s'inspire de celui qui avait été établi pour le Centre, est alors passablement « classique », et donc, relativement simple : il comprend quelques cours, pour les diverses parties de la philosophie (logique, épistémologie, ontologie, philosophie de la nature, philosophie morale, philosophie de l'homme, éthique, philosophie politique), pour l'histoire de la philosophie (grecque, médiévale, moderne, contemporaine), un cours pour l'histoire des sciences, et quelques cours associés à des sciences: linguistique, psychologie expérimentale. Subissant les effets des structures propres à l'Université du Québec, à savoir la discussion et la construction des programmes par un module aussi bien que par un département, ce programme se modifie jusqu'en 1973 pour prendre à cette époque une nouvelle forme. Il comportera alors un nombre beaucoup plus considérable de cours, des cours obligatoires et des cours optionnels, un nombre beaucoup plus important de cours d'histoire, des secteurs (Méthodologie-Logique; Épistémologie-Philosophie des sciences; etc.), comportant chacun un certain nombre de cours optionnels, ainsi qu'une ouverture sur les autres programmes de l'Université. Ce programme sera révisé en 1991 pour un programme plus souple qui permet à un étudiant de faire l'équivalent d'une mineure dans une autre discipline.
Pour le 2e cycle (la maîtrise en philosophie), de 1969 à 1975, le programme consiste en une banque de cours. En 1975, une partie des cours de cette banque sera regroupée en trois secteurs pour donner au programme une identité plus accentuée. Il comportera alors des cours thématiques (par exemple, la philosophie du langage), des cours sur les principaux courants de la philosophie contemporaine (par exemple, Husserl et la phénoménologie), et des cours dans le domaine de la philosophie et de la culture québécoises. En 1983, le programme est restructuré et présente les divisions que voici: histoire de la philosophie, philosophie des sciences humaines et de la culture, philosophie du langage et de la logique, philosophie québécoise. Quant au programme de 3e cycle (doctorat en philosophie), il sera implanté en 1973 et comportera, en plus d'un important travail de thèse, des séminaires appartenant à deux champs identifiés, la philosophie du langage et du symbole et la philosophie de la culture. En 1983, le programme a été étendu à l'Université du Québec à Montréal. À la faveur d'une collaboration accrue entre les deux corps professoraux il est devenu programme conjoint en 1989.
En ce qui a trait à la recherche institutionnalisée, c'est-à-dire celle qui est enchâssée dans les structures créées par l'université, elle s'organise au département à partir de 1982, année où l'institution reconnaît un « Laboratoire de recherche en philosophie analytique », qui deviendra par la suite (1983) un « Groupe de recherche ». Divers travaux, en logique des actes de discours, en sémantique nominaliste, en philosophie de l'action et en philosophie de la culture, ont été menés dans ce cadre. Dans ce contexte, et agencés à nos programmes de maîtrise et de doctorat, des accords de coopération ont été signés, depuis 1987, avec des universités d'autres pays, notamment le Brésil, la Pologne et la France, de telle sorte que des étudiants étrangers viennent ici pour faire leurs études supérieures. Au groupe de recherche en philosophie analytique a succédé en 1999 un nouveau groupe de recherche interdépartemental sur la communication et le discours.
Depuis 1997, le département de philosophie, qui s'est renouvelé par l'engagement de nouveaux professeurs s'est donné trois axes principaux de recherche :