La mission première de la CMS est la formation professionnelle des étudiants des programmes d'ergothérapie, d'orthophonie et de sciences infirmières. Pour ce faire, les stagiaires de la CMS, supervisés par des professeurs et cliniciens d'expérience, offrent des services professionnels de qualité à la population de la région de la Mauricie et du Centre-du-Québec.
En tant que clinique universitaire, la CMS a aussi la mission de soutenir la recherche clinique des professeurs des départements qui y sont rattachés afin de contribuer à l'avancée des connaissances quant aux meilleures pratiques dans leurs domaines respectifs.