Source : Amérindiens en prières. Détail de la carte de Bressani, Nova Franciae accurata delineatio, 1657. Archives nationales du Canada / C-71502

Pour les Français, le baptême est un acte religieux essentiel pour sauver son âme et devenir catholique. Des Autochtones vont se convertir et accepter d'être baptisés pour diverses raisons. Pour eux, c'est souvent un geste d'amitié et un symbole de l'alliance avec les Français. De plus, les Français ont adopté la politique de donner des armes à feu aux Amérindiens convertis, c'est-à-dire à ceux qui sont baptisés seulement.

Mais se convertir implique pour les Autochtones de changer complètement leurs façons de penser et d'agir. Les missionnaires exigent d'eux qu'ils abandonnent les rituels et les cérémonies qui accompagnent la plupart de leurs activités (activités de chasse et de pêche, agriculture, commerce, loisirs, médecine, politique). Les Autochtones convertis doivent ainsi renoncer à participer à la vie sociale de leur communauté, aux pratiques et aux rites traditionnels. Des divisions entre les convertis et les traditionalistes surviendront alors au sein des communautés.

Les traditionalistes résisteront aux nouvelles valeurs proposées par les missionnaires. Certains vont croire qu'accepter cette nouvelle religion n'apporte que le malheur. Les traditionalistes donnent en exemple les Hurons-Wendats, les Algonquins et les Innus (Montagnais) qui se sont convertis et qui ont vu leur vie être bouleversée et leur population dépérir à la suite des épidémies et des guerres.

Malgré tout, la plupart des Autochtones restent fidèles à leurs usages et à leurs croyances vers 1745. Les Autochtones, même les convertis, oublient facilement l'enseignement des missionnaires qui est bien difficile à concilier avec leurs croyances. Cela donne lieu à un mélange de croyances et de pratiques autochtones et catholiques.