Les premières familles iroquoises arrivent à Laprairie en 1667. D'autres viennent les rejoindre par la suite. Leur village est déménagé plusieurs fois avant d'être installé définitivement au Sault Saint-Louis (Kahnawake). D'autres Iroquois s'installent sur l'Île de Montréal avant de se fixer définitivement dans la région d'Oka (Kanesatake). Au milieu du 18e siècle, certains Iroquois quittent le Sault Saint-Louis (Kahnawake) pour former un nouveau village à Saint-Régis (Akwesasne), d'autres se rendent à la nouvelle mission de la Présentation (Oswegatchie).
Kahnawake : « Là où sont les rapides », en référence aux rapides de Lachine.
La mission de la Prairie de la Magdeleine, créée en 1667, devient rapidement surpeuplée de colons français. De plus, le sol qui s'est épuisé ne convient plus à la culture du maïs. La mission est déménagée au Sault Saint-Louis, puis elle est encore déplacée à quelques reprises avant d'être installée définitivement là où se trouve aujourd'hui Kahnawake (autrefois nommée Caughnawaga). Les missionnaires jésuites considèrent que les Iroquois (des Mohawks) ne développent pas suffisamment leur établissement parce qu'ils ne défrichent pas comme les Français. Aussi, les missionnaires se comportent rapidement comme s'ils étaient les seuls propriétaires de ces terres. Vers 1720, ils recrutent des colons blancs et leur concèdent le tiers des terres accordées aux Mohawks. Dès les dernières années du régime français, les Mohawks se plaignent que les Jésuites vendent leurs terres aux colons.
Kanesatake : « L'endroit où il y a du sable », en référence au rivage du lac des Deux-Montagnes; aussi connue sous le nom d'Oka.
Des Népissingues, des Algonquins et des Iroquois constituent la population originale de cette mission. Ils se sont d'abord rassemblés à la mission des Sulpiciens fondée au pied du mont Royal en 1676. Leur village est déplacé à quelques reprises avant d'être définitivement installé au Lac-des-Deux-Montagnes (Kanesatake, près d'Oka) en 1721. Une partie de ces terres défrichées par les Autochtones fut ensuite vendue à des colons français.
Akwesasne : « Là où les perdrix tambourinent » (Saint-Régis).
Vers 1750, un groupe quitte le Sault Saint-Louis (Kahnawake) et forme un autre village à la tête du lac Saint-François, à 95 kilomètres à l'ouest de Montréal. À la même époque, Oswegatchie (un autre village fondé en 1749) accueille surtout des Iroquois Onontagués.