Avec l'arrivée des Européens, les guerres s'intensifient et leurs motifs changent. La hausse de la mortalité, liée aux épidémies, a sans aucun doute contribué au désir de combler les pertes humaines en les remplaçant par des prisonniers que l'on adopte. Plus les épidémies font de morts, plus l'on a besoin de captifs afin de maintenir le niveau de sa population. S'ajoutent à ces guerres, les guerres dites des fourrures qui proviennent de la concurrence entre les nations autochtones pour la traite et l'accès aux routes commerciales.

Les Autochtones participent aux guerres en tant qu'alliés des Français ou des Anglais en souhaitant conserver leur autonomie et leurs terres. Mais ils ne sont pas avantagés. Par exemple, lors du traité d'Utrecht en 1713, les Abénakis, les Malécites et les Micmacs ne sont pas considérés malgré leur participation active aux côtés des Français. La France cède leur territoire aux Anglais. L'intensification des activités guerrières contribue au déclin de la population autochtone, mais bien moins que les épidémies, qui restent la principale cause de mortalité. La diminution de la population autochtone rompt l'équilibre des forces militaires face aux Européens.