Source : Amérindiens en prière. Détail de la carte de Bressani, Nova Franciae accurata delineatio, 1657. Archives nationales du Canada C-71502. Les Jésuites voient un lien direct entre la souffrance des Amérindiens et leur intérêt soudain pour la religion chrétienne.

Les maladies introduites par la présence européenne se propagent rapidement et prennent des proportions épidémiques. Dès 1611, les épidémies fauchent la population autochtone de la côte Atlantique. La circulation des marchandises de traite, la présence européenne qui s'accroît et les déplacements de la population favorisent la propagation de ces maladies. Les microbes circulent avec les produits européens qui empruntent les circuits de traite autochtones. Des populations éloignées, qui n'ont encore eu aucun contact avec des Européens, sont affectées.

La maladie et la mort accompagnent les nouveaux venus sur leur passage. Les Montagnais, qui travaillent avec les pêcheurs, attrapent la variole et la grippe. Plus les rencontres deviennent fréquentes entre les nouveaux venus et les premiers peuples, plus les épidémies font des ravages.