Le laboratoire de microbiologie industrielle de la CRIEB est localisé dans le pavillon CIPP sur le campus de l'UQTR.
Le laboratoire de microbiologie industrielle maintient une collection de souches microbiennes dont des souches de Bacillus sp. ainsi que des microorganismes sauvages spécialement sélectionnés pour leur capacité à prétraiter et à biotransformer les résidus, et pour leur potentiel à contribuer à la création de bioraffineries
La CRIEB est également responsable d'un laboratoire de maintien de souches algales. Toutes les souches algales des nombreux projets en cours et antérieurs sont maintenues actives dans ce laboratoire. La CRIEB a aussi accès aux laboratoires, équipements et infrastructures de plusieurs unités de recherche de l'UQTR dont l'Institut de Recherche sur l'Hydrogène (IRH), le Centre de recherche sur les matériaux lignocellulosiques (CRML) et le Groupe de recherche en biologie végétale (GRBV).
La CRIEB travaille en étroite collaboration avec le Centre d'Innovation des Produits Cellulosiques du Cégep de Trois-Rivières (Innofibre) et a accès à tous leurs équipements. D'ailleurs, la CRIEB et Innofibre partagent un parc d'équipements capable de couvrir toute la chaîne de valeur des produits et matériaux biosourcés. Cette SYNERGIE collège-université sert d'ailleurs de modèle pour le Québec et le Canada.