Nicolas mentionne au-delà de 200 plantes dans l'Histoire naturelle. L'étendue de son vocabulaire botanique est supérieure à celui de ses contemporains qui ont décrit les plantes de la Nouvelle-France. Par exemple, Cartier décrit une quarantaine d'espèces dans ses Voyages; Champlain dans ses Voyages de 1603 à 1612 nomme quarante-sept plantes; Cornuti dans son Canadensium en 1635 ne décrit que 43 espèces; Pierre Boucher dans son Histoire véritable et naturelle des moeurs et production du pays de la Nouvelle-France vulgairement dite le Canada en décrit une cinquantaine en 1664.
Comme dans certains textes botaniques du XVIe ou du début XVIIe siècles, il dresse un inventaire des plantes sans prendre soin d'en donner une description:
"Toutes les herbes que je voy nommer sont si communes dans le pays qu'il me faudroit un grand volume pour en dire toutes les particularités, et comme je serois trop ennuyant il faut se contenter des simples noms. Asperges. Betteraves rouges. Betteraves blanches. Carrotes. Charvis. Salsufis. Panets. Passenades jaunes, et violetes, franches et sauvages. Chicorée blanche franche et agreste."*.
Les catégories de plantes se résument ainsi pour Louis Nicolas: "Des simples, des fleurs, des grains, et des herbes qui croissent naturellement, et artificiellement dans le pays des Indes Occidentales"*. L'ordre qu'il choisit est le suivant:
"D'abord les plantes herbacées (folios 4-16), puis les fruits (folios 16-23), les arbustes (folios 23-27) et les arbres (folios 27-47). Le traitement des diverses plantes est assez inégal: plusieurs sont simplement énumérées, tandis que d'autres sont longuement décrites."*.
Plus précisément, Nicolas consacre 20 folios aux arbres, 12 s'intéressent aux herbes, puis les fruits sont décrits dans 7 folios et viennent finalement les 4 folios sur les arbrisseaux. Il fait la distinction entre les plantes qui poussent naturellement et les autres. Ses catégories sont très proches de celles de Cartier qui, presque 150 années avant lui, classait en 5 catégories les plantes qu'il trouvait: les arbres, les arbrisseaux et les plantes herbacées à fruits comestibles, les plantes cultivées et les autres plantes. Comme nous l'avons démontré au chapitre précédent, Cartier et Champlain classaient à la manière des rhizotomes.
L'Histoire naturelle de Nicolas garde les caractéristiques de la méthode des rhizotomes qui ont une classification très primaire laquelle sépare le connu de l'inconnu, utilise la grosseur et la saveur des fruits les comparant constamment avec ceux d'Europe qui sont connus. Les illustrations des nombreux Tractatus de signaturis publiés jusqu'au XVIIIe siècle exercent une certaine fascination chez Nicolas. Pourtant il ne cite pas Theophrastus von Hohenheim qui avait latinisé son nom en Paracelsus ou encore Giambattista della Porta, auteur d'un ouvrage important publié à Naples en 1588, le Phytognomonica. Cet oubli de Nicolas s'explique. La doctrine des Signatures trouve un adversaire en Rembert Dodoens, un des grands botanistes du XVIe siècle qui apporte des arguments que Nicolas prend en considération à cause de son attachement aux textes des anciens botanistes.