Les rites religieux et les rituels de guérison étaient intimement liés chez les Autochtones. Trois sortes de maladie étaient reconnues par les Iroquoiens et, d’une façon semblable, chez les Algonquiens: les maladies d’origine naturelle, celles provenant de désirs insatisfaits ou cachés de l'âme et d'autres causées par des sortilèges. À chaque type de maladie correspondait un traitement approprié, soit des remèdes naturels, la satisfaction des désirs ou le désensorcellement.
Il est difficile de connaître l'état de santé des Autochtones vers 1500. Toutefois, les études paléontologiques, effectuées sur des ossements retrouvés dans les sites archéologiques, ont démontré l’existence de certaines maladies en Amérique du Nord. Des cas de tuberculose, de maladies des articulations (arthrite, rhumatisme), du système respiratoire et du système digestif, d'hépatite, d'encéphalite et de poliomyélite ont été retracés. Cependant, aucune de ces maladies ne semble avoir eu d’effets dévastateurs sur les peuples autochtones.
Étant donné la faible densité des populations et l'éparpillement des groupes sur le territoire, les maladies contagieuses faisaient peu de victimes. Les Autochtones pouvaient contracter une maladie à la suite de la consommation d'une viande infectée ou par une plaie souillée (tétanos). Des accidents faisaient des blessés et même des morts. Quand une grande famine survenait pendant l'hiver, elle pouvait faire de nombreuses victimes. Plusieurs maladies connues en Europe comme la rougeole, la variole, la varicelle et le typhus n'existaient pas en Amérique.
Les Européens décriront les Autochtones comme des gens jouissant d'une excellente santé. On vivait aussi longtemps en Amérique qu'en Europe. Aux 16e et 17e siècles, l’espérance de vie ne dépassait pas 25 ans, ce qui ne signifie pas que tous les individus décédaient à cet âge moyen, car il faut aussi tenir compte, dans ces calculs, du haut taux de mortalité infantile à cette époque. Il pouvait donc arriver que plusieurs individus vivent au-delà de 50 ans.